
1 квітня 2001 року Мілошевича заарештували відповідно до югославського законодавства за звинуваченням у вчиненні кримінальних злочинів (зловживання службовим становищем і об’єднання в групи для вчинення кримінальних злочинів). 28 червня 2001 року Слободана Мілошевича передали Гаазькому Міжнародному трибуналу з колишньої Югославії.
12 лютого 2002 року в Гаазі розпочався судовий процес над С. Мілошевичем. Екс-президент заявив, що не визнає повноважень Гаазького трибуналу, відмовився від адвокатів і самостійно вів свій захист. Мілошевич звинувачувся в геноциді, злочинах проти людства і порушенні законів та звичаїв війни у збройних конфліктах кінця 90-х років, що почалися після розпаду Югославії.
Екс-президент Югославії потерпав від високого артеріального тиску, у нього були проблеми з серцем. Він також скаржився на сильний головний біль і шум у вухах. У грудні 2005 року Мілошевич звернувся до суддів з проханням дати йому можливість поїхати до Москви для проходження медичного огляду і лікування в Науковому центрі серцево-судинної хірургії імені А.Н. Бакулєва. У січні 2006 року Міністерство закордонних справ Росії підтвердило гарантії повернення Слободана Мілошевича в Гаагу у разі його лікування у Москві. Однак трибунал відмовив у задоволенні цього прохання підсудного. При цьому судді зазначили, що ні в наданому призначеними Мілошевичу адвокатами обгрунтуванні, ні у висновках лікарів немає доказів того, що екс-президенту потрібне медичне обслуговування за межами Нідерландів.
Тіло Слободана Мілошевича буде передано для поховання його родичам. Однак, де буде похований колишній лідер Югославії, поки що невідомо. Надходять повідомлення, що серед родичів немає згоди щодо того, чи поховати його в Чорногорії, де Мілошевич народився, чи в Росії, адже його вдова Міра Маркович, їхній син Марко і старший брат Борислав Мілошевич проживають у Москві.
Марія Мілошевич, дочка колишнього президента Сербії, каже, що буде домагатися того, щоби її батька поховали у Чорногорії, "звідки походить коріння їхньої родини і де поховано багато предків".
Влада Сербії зараз у роздумах. З одного боку, вона не хоче урочистого похорону екс-диктатора, а з іншого – не бажає псувати стосунки з націоналістами – прихильниками Мілошевича.