Новий алгоритм SCENIC реконструює генну регуляторну мережу і розпізнає стан одиночної клітини.
Завдяки цьому алгоритму, лікарі зможуть розпізнавати окремі типи ракових клітин, пише Science Daily.
Останні досягнення в області одноклітинного секвенування вже дозволили виміряти, які з наших 20000 генів активні в окремій клітці. Ці методи забезпечують безпрецедентний рівень деталізації. Але, коли цей метод застосовується до тисяч клітин з різних тканин, завдання стає дуже складним, оскільки необхідно обробити величезні обсяги даних.
"Ми розробили SCENIC, комп'ютерну програму, яка ідентифікує різні типи клітин, на основі експресії генів, швидко і точно. Це дозволяє краще зрозуміти, як регулюється доля типів клітин, а також дозволяє ідентифікувати основні регулятори, які можуть бути потенційними цілями ліків", - пояснив біолог Стен Аертс, один з авторів алгоритму.
Після застосування програми виявилося, що кластерний аналіз за типом клітини виявився для SCENIC точнішим, ніж у багатьох спеціалізованих методів кластеризації окремих клітин.
"Цей новий метод не тільки допоможе нам дізнатися більше про різні клітини в нашому тілі. Це також дозволить нам дізнатися про те, як активність клітин змінюється протягом часу, або коли ми хворіємо", - пояснила один з авторів дослідження, Сара Айбар Сантос.
Команда вже застосувала цей метод до тканини мозку мишей і людини. Вони також використовували його для аналізу і порівняння ракових клітин головного мозку і пухлин шкіри, що призвело до виявлення нових типів клітин, пов'язаних з метастазами, а також дозволило краще зрозуміти механізм поширення ракових клітин в інші частини тіла.
Читайте найоперативніші новини "МБ" у Facebook і Telegram
